化工工程系位于阿拉善高新技术产业开发区校区，是阿拉善职业技术学院重点建设系部之一。设有高职应用化工技术、分析检验技，中职化工工艺专业。化工工程系现有各级各类在校生570余人。建有校内实训室11个，校外生产性实训基地16个，与辖区内化工生产企业、药品生产企业建立了长期稳定的校企合作关系，满足学生实习、就业需求。

化工工程系现有教职工17人，其中处级正职2人，副处1人。专业技术岗位15人，具有副教授等高级专业技术职称5人。在岗教师中拥有研究生学历2人，研究生学位4人，其他全部为本科学历。专任教师中"双师素质"专业教师的比例达100%。拥有"内蒙古自治区草原英才”1名，自治区级专业带头人1名。“工业分析检验”教学团队荣获自治区级优秀教学团队。近年来相继完成国家、自治区级、盟级、学院级多项科研项目，发表相关学术论文近100篇，获得国家实用新型发明专利多项。连续四年获得全区高职院校职业技能大赛团体一、二等奖，并代表自治区参加全国大赛。